Нарушения за десетки милиони левове са извършвани в двете държавни железопътни дружества - „Холдинг БДЖ“ и Национална компания „Желзопътна инфрастукрура“ (НКЖИ). Според доклад на Агенцията за държавна финансова инспекция в търговете, обявявани от БДЖ, са открити 22 нарушения. Държавният холдинг е изразходвал неправомерно над 66 млн. лева – над половината от общата стойност на проверените сделки (120 млн.). Проверката засяга периода януари 2008 – септември 2010.
От АДФИ отчитат, че най-много нарушения има при доставките на вагони и резервни части. От проверен бюджет за 46 млн. лева се оказва, че над 27 млн. лева са похарчени в нарушение на процедурите.
Нарушенията на НКЖИ са 9 на брой, като става дума също за разходване на държавната субсидия, доставката на оборудване за поддръжка и ремонт на жп инфраструктурата. Стойността на незаконно проведените поръчки е за малко над 18 млн. лева.
Въпреки че от години трупа загуби и оцелява с все по-големи субсидии от бюджета, БДЖ не спира да увеличава разходите за заплати. Това показа доклад на Сметната палата, който обхваща цялата 2009 година.
Средната заплата в "Български държавни железници" ЕАД е стигнала 835 лева през 2009 при 798 лева за предната година. Само за 12 месеца бщият фонд "Работна заплата" се е увеличил с 5 млн. лева и е достигнал 85 милиона. Ръстът на доходите в компанията се случва точно когато заради кризата пътникопотокът е спаднал с цели 10%, се посочва още в одита.
Според одита през 2008 държавата е покривала 57% от разходите на БДЖ за основна дейност, а през 2009 - вече почти 70%. Близо 200 млн. лева от парите на данъкоплатците през 2009 са отишли за подпомагане на железопътния транспорт. Бюджетната инжекция за предната година е била към 170 милиона. Според одиторите на Сметната палата ръководството на БДЖ не е осигурило надежден контрол за харченето на субсидиите и обществените поръчки.